因为昭和天皇很清楚，发动兵变的皇道派事实上就是跟自己敌对的。他的政见也与皇道派不合，要是真的成立皇道派内阁，他可能真变立宪君主了。
昭和天皇在二二六之前，行使他政治影响力的最主要手段就是通过「宫中」这个政治集团 ，来传话、来影响政界。可以说，裕仁本身就是宫中集团的核心成员。不巧的是，二二六少壮将校最大敌人之一就是宫中集团 。他们在兵变宣言中已经说明，宫中的「元老重臣」也是「破坏国体之元凶」，他们要「斩除君侧奸臣军贼，粉碎其中枢」。
实际上，他们也是这么做的：宫中集团的几个重要成员，内大臣斋藤实被杀，侍从长铃木贯太郎重伤，裕仁极为倚重、关系相当深厚的前任内大臣牧野伸显险些被杀。同样差点被杀的首相冈田启介，是在出任首相时，被裕仁称为「我最放心」的人物。在这种情况下，裕仁会怎么想呢？
皇道派这种图图裕仁亲信的行为，自然惹起了他的怒火 。从时任武官长本庄繁等人的回忆可以看出，二二六事变时的裕仁疑似是第一次公然破防，从来没见过他如此气急败坏，如此大发雷霆，以至于要声泪俱下地提出，自己是不是要御驾亲征铲除叛乱部队。事后，1936年3月4日，裕仁亲自动笔写的肃军敕语就体现了这点：
「杀害朕最为信赖的股肱之重臣及大将，让朕就像被丝绵绞住脖子一样苦恼，实在是不胜遗憾。而这种行为违背宪法，不符明治天皇的御诏勅，玷污国体，伤其明征，朕深深为之忧虑。
此际应充分地肃清军队，不能再有如此失态之事。」
皇道派确实提出要尊皇爱国，但裕仁可不会在意那么多。亲近军部的本庄繁在2月27日对裕仁说，皇道派军官「的精神，是出于考虑君国，未必应当责备。」对此，裕仁则回答说：「杀戮朕股肱老臣，如此凶暴之将校，其精神有何宽恕之处呢？ 」
如果说是北一辉式的国家社会主义，裕仁也不欢迎。冈田内阁倒台以后，产生下一届内阁时，由于军部施压要求新的广田内阁推行法西斯主义改革，裕仁曾在3月2日，就这一点谈论道：「过于急剧的革新，未必与一般的社会形势相适应……所以军部也可以去充实国防，但如果涉及到像国家经济、分配财富等的问题，就不合适了。」
皇道派杀了裕仁的亲信以后，要裕仁「天皇亲政」，但裕仁毋宁说是根本无法理解这个概念的。当初1933年4月时，他就跟受到少壮将校影响的秩父宫进行过辩论。根据本庄繁的日记，当时秩父官提出要天皇亲政，为此停止宪政也在所不惜，结果与裕仁发生了相当激烈的辩论。事后，裕仁对侍从长铃木贯太郎说：
「亲政就是我按照宪法的要求，实际地把持大纲，总揽大政。这以外还要干什么呢？说要停止宪法，这种破坏明治大帝之创制的事情，绝对不可以。」
裕仁认为，自己已经在明治宪法体制中执政，这就是「万机御亲裁」，就是亲政。裕仁大概也明白，日本法西斯主义者提出的「天皇亲政 」，其实就是打着裕仁亲政的名号，借着裕仁的权威，来推行他们自己的独裁，对此裕仁无法容忍。从指定斋藤实内阁开始，在裕仁的口中频频出现的话就是「内阁要按宪法办事」，明治宪法体制对于裕仁来说，是他所理解的政治的底线。
在裕仁看来，皇道派也无非只是1930年以来逐渐崛起的军内极右派的一份子。由于裕仁在外交问题上多次做出支持协调外交政策的发言，自从他支持伦敦海军条约以来，宫中集团已经被军部与民间的右翼势力当成靶子攻击了无数次了，他一发言不久，军部内就有人「愤懑」的事情也发生了无数次。这些流言蜚语大部分都是朝着他身边的亲信而来，指责他身边的元老重臣在编织阴谋云云，有些甚至也朝着他本人而来。北一辉身边的西田税等人，很早就反感裕仁喜欢打高尔夫这一点。
1931年8月，牧野伸显也收到情报，说「不知道是哪个陆军的组织的，但有一件事是，在秩父宫（裕仁的弟弟）坐火车去其他地方的时候，有个陆军上校进了火车，直接说要帮他登基。他当然没有同意。」就在同一个月份，近卫文麿对元老西园寺公望说，「陆军的一部分人说『现在的陛下太平庸了，真让人头疼』，这句话的意思是，他根本不听陆军的话吧。」接到这样的情报，西园寺担心地说：「在宫中方面，有很多值得担忧的事情。」
同一年10月时，西园寺公望对自己的秘书原田熊雄说，他收到了这样的消息：陆军内有人在传，近卫兵在皇宫内巡视时，「看见陛下的房间很晚还亮着灯，他以为这是陛下在处理政务，是需要自己学习的事情，没想到进去一看，他竟然和皇后等人一起打麻将」，以及「参谋总长和陆军大臣去天皇那里时，天皇的表情很不愉快，好像在问你怎么又来了。……皇族们也赞成有组织的行动。」正因如此，裕仁才更加明白，这些军部内的右派真的夺权了，自己是没有好果子吃的，别说批准政务了，起码打打高尔夫、打打麻将是不可能了。
一旦这群人夺权，裕仁的执政班底（宫中集团）必将遭到大清洗，甚至有可能换上他们的人。这样一来，裕仁等于任由他们摆布，被他们强迫着批准各种他不喜欢的政策。从之前五年的相处之中，裕仁也不可能接受这种皇道派内阁。
裕仁不是什么深谋远略的政治大师，也不是什么政坛阴谋家，他的政治水平支撑不了那么多。牢裕更多的就是一个平庸无聊的普通人，要他去利用皇道派与虎谋皮，他也做不到。
从之前的相处中，裕仁也讨厌皇道派的领袖，尤其是真崎甚三郎。裕仁一向通过宫中集团的人员传话来影响政界，然而他传话的要求第一次被明确拒绝，就是1932年2月被真崎甚三郎拒绝 。当时时任大藏大臣高桥是清想以财政问题为由，反对日本继续在上海派兵，他也将这一点传达给了裕仁。于是裕仁让自己的武官长奈良武次跟时任参谋次长的真崎甚三郎说，「在满洲事变上尽可能不要再花钱了」，直接就被真崎甚三郎拒绝了。
就在同一年2月6日，裕仁接见皇道派的两大领袖荒木贞夫（时任陆军大臣）与真崎甚三郎时，异想天开地问他们：「陆军到底是哪里不同意让张学良回奉天做首脑」，结果这件事不知怎么地就传了出去，成了陆军内部指责宫中的理由之一。
之后第三次，就是1933年初关东军侵略热河，热河抗战当时。由于日本会因此被国联开除，不想日本退出国联的裕仁还是比较在意这件事的。2月4日闲院宫参谋总长请求裕仁批准关东军侵略热河，当时裕仁的条件是：我可以批准你们侵略，但军队不许越过长城。然而2月8日，时任首相的斋藤实跟裕仁说，侵略热河会影响到国联，内阁不同意侵略热河；于是裕仁又通过侍从长奈良武次通知参谋总长停止作战，然而10日，闲院宫表示命令已经下达，现在无法终止作战了。2月11日下午，很不高兴的裕仁跟奈良武次抱怨说：
「本日总理大臣申明，如果执意实施热河作战，根据国际联盟盟约第十二条，日本将有被除名之虞，因此我想中止作战，但军部已经得到我的批准，强烈主张不能中途终止作战。关于此事，我就不能通过（我的）统帅最高命令来中止作战吗？」
最终2月12日，裕仁还是再次批准了关东军侵略热河，前提是不许越过长城。不过进入3月，关东军还是越过了长城。当时参谋本部的参谋次长就是真崎甚三郎，裕仁因为这件事又给他记下了一笔。
这一时期，真崎也试过接触在参谋本部的东久弥宫，希望他可以影响裕仁：「希望陛下能欣然采纳参谋本部提出的建议，请殿下给予帮助」，但被东久弥宫拒绝了：「像自己这样没有责任的人向陛下提出这样的要求，首先会败坏官纪，破坏军纪……陛下本来就是……从全局来判断的……您期待陛下在欣然采纳意见时只去偏袒陆军，实在是岂有此理。」于是，真崎愤怒地说：「身为皇族，既然要亲自侍奉陛下，就不应该说些普通官吏那样的话。」事后，真崎「非常愤怒地回去了」。
此后裕仁与真崎的接触，依然多次引发双方的不满。1934年6月26日，时任陆军教育总监真崎甚三郎在陆军校长会议上发表会议时，大谈：「军人不能与实际的政治有所关联。但我不理解圣谕（军人敕谕）是要在法规上是绝对禁止这一点。事实上，政治的界限不是一种事实问题，是很难明确地区别出来……我一般不禁止青年军官的集会……」裕仁听到这番话之后，对亲信说「作为教育总监的人说这种话，令人无法理解。」
1935年发生天皇机关说事件时，裕仁又跟真崎碰撞了。真崎在4月6日的师团长会议上训话说，「万世一系的天皇作为现人神，是国家统治的主体」，「行藏进正一出大命，是建军之本义」，所以「以国家为统治的主体，以天皇为国家机关之说」，「在国体的大义上，与我们的信念在根本上是不相容的」。4月9日时，裕仁即对本庄繁武官长，批评真崎的话，认为真崎说的不对，「（真崎）承认国家为法人，并将我视为组成国家的一部分……如果天皇是掌管国家生命的首脑的话，那天皇出事的话，国家岂不是也会毁于一旦……」
1935年7月统制派与皇道派的内斗进入最高潮时，作为陆军大臣的林铣十郎强行撤换了教育总监，将真崎甚三郎赶走了。当时裕仁的武官侍从长本庄繁曾经向裕仁提议，对此要做好善后工作，但裕仁并不是很情愿。裕仁说：「我自己也这么想：真崎担任参谋次长时，在热河作战、从热河进军华北时，违背我的意图而展开行动。一旦他出于责任而呈上辞呈，我心情舒畅又如何呢？」本庄繁反驳说：「我认为大臣所说的风闻未必是正确的。」裕仁事后则抱怨说：「武官长好几次为真崎辩护了。」
总的来说，裕仁不仅清楚皇道派（以及其他右派）鼓吹的天皇亲政基本等于自己被架空，也对「亲政」有着自己的理解。1926～1936年的裕仁都通过宫中集团来执政，根据宫中元老的建议来执政，也在执政受到宫中集团的影响。宫中集团的政治行动方针，其中最重要的三条就是「保持日本国家政治秩序稳定」、「不要让天皇背上政治责任」与「保持天皇作为日本统治集团共主的权威」。从各方面讲，天皇确实有随心所欲干涉一切国政事务的最高权力，但裕仁在行使权力时也会受到这三个行动纲领的制约。（当然，这并不等于裕仁是纯·立宪君主制，也不等于他没有责任，实打实地批准一切决策的人还是他，以及他也时常通过传话、介入下届内阁产生等的方式，来介入政治。）
第一个不用解释，裕仁既然在国内作为最大的主权者，他随心所欲的行动本来就会导致政潮迭起，起码内阁倒台是难以避免的，这种政治混乱的状态不利于日本统治阶级整体利益；第二个是因为裕仁不仅是日本国家元首，还是日本国家统合与民族认同的核心，是日本统治阶级在精神上统合全国日本人民的符号。但裕仁介入政治的决策不可能没有偏向，得罪一部分人、让他们对天皇或宫中感到绝望，基本是必然的事情：事实上裕仁与宫中集团在伦敦海军条约上出手帮助民政党内阁，就让他们严重地得罪了军部以及民间右翼。这么得罪来得罪去，裕仁早晚也就不用扮演这个统合日本资产阶级国家的宗教性核心了，这也是西园寺等人一再提起的，也一再试图避免的「让帝德蒙上污垢」、「不能让陛下坐上逆流而上的船」、「不能让政治责任直接影响到陛下」。
第三个则是因为裕仁的宫中集团确实没法与日本统治阶级的某些硬角色硬碰硬，比如陆军集团。裕仁可不可以突然命令日本陆军做某样他们不愿意的事情？当然可以，但陆军可能不听命，乃至沸反盈天，这就不是裕仁可以解决的问题了。西园寺等人一直很担心，假如裕仁发出命令以后，陆军还是不听，那皇室作为各方共主的权威也会威严扫地 ，所以裕仁多次提出在军部问题上召开御前会议，都被西园寺打了回去。1937年11月裕仁再次提起这个御前会议的问题时，西园寺反对的理由依然是「使君权无瑕」。当时，西园寺说：
「陛下的旨意是抑制派出的军队，但如果实际上做不到的话，怎么办呢？……御前会议意味的是陛下亲临，必定不能让御前会议变成陛下亲自决断、亲自做决定。」
事实上，倒不用到裕仁亲自下令，甚至在裕仁口头命令上，已经验证了这种一次没用以后，之后全部失效的道理。田中义一只被裕仁轻飘飘了问一句「这与你之前说的不一样呀」，就吓得自己内阁总辞职了；1938～1939年担任陆军大臣的板垣徵四郎是被裕仁名副其实地怒斥了三次，别说「真是不可理喻」，甚至「你这东西」、「你们合起来骗朕」、「你是不是脑子有问题」都骂出来了，板垣最终也没有因为这些怒斥而辞职……