挺民進黨是勞方聯線成員最明顯的特徵，……其實在早期的工會選舉中，黃清賢會特意在自己的宣傳單上印民進黨的黨徽，其他勞方聯線的参者也有類似舉動，或是在文宣中強調民進黨市議員的「推薦」，或是在宿舍區掛上民進黨的黨旗。這些工會參與者在當時都認為民進黨代表一種不同於國民黨的工會路線，勞方聯線的規章裡甚至曾有一條「鼓勵會員加入民進黨」的規定。在他們看來，爭奪工會的主導權一如黨外的政黨競争，国民黨是享有各種優勢的在位者，民進黨則是新浮現的挑戰者；因此在角逐工會職位的選舉上，也試圖模仿黨外民意代表選舉的手段操作。
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在首度政黨輪替後，民進黨政府期間（2000~2008年），政策明顯出現保守化的趨向。經歷執政初期的混亂，民進黨承襲了国民黨的「拼經濟」、「經濟優先、社福暫緩」、民營化等路線，讓許多原本支持民進黨的自主工會運動者感到意識型態錯亂；他們發現越來越難以勞工階級的立場，說服工會會員將票投給轉向親商的民進黨。陳水扁在2007年提到「台灣沒有左右路線，只有統獨的問題」；對國營事業基層勞工而言，這種言論透露的意義是：民營化是兩黨的共識，也是不可抗拒的潮流，除非勞工自認是「桃花石人」或支持統一，不然就將票投給民進黨。
從全聯會十週年的慶祝典禮，就可以觀察出民進黨與自主工會關係的轉變。2003年9月，全聯會舉行十週年慶祝典禮，陳水扁應邀以貴賓的身分致詞。他在致詞中提到自己與银行工會幹部在1988年就認識了，當時戒嚴令解除才一年多，大部分的银行仍由政府控制，組織工會是絕對不允許的禁忌；陳水扁則是剛出獄，擔任妻子吳淑珍立法委員的特别助理，同時也為想要組工會的银行員提供法律建議，因而開啟了之後長期的合作。1994年，全聯會成立，但國民黨政府拒絕承認這是合法的工會聯合會组織；工會幹部發動了長達數年的法律抗爭，但一直到政黨輪替之後，陳水扁當上了總統，2001年全聯會才正式收到由民進黨政府颁發的官方證書。如此看來，全聯會的十遇年慶應該是運動戰友們歡喜重逢、共同回味過往努力的場合；但現場卻彌漫著騷動不安的氣氛，因為銀行員工會幹部試圖利用這個場合，抵抗政府推動的金融整併政策。
民進黨上台後進一步加强金融自由化，解除更多管制，以方便金融機構整頓；不少銀行員在整併的過程中被資遣，能夠保住飯碗的員工也被迫接受更嚴苛的勞動條件。針對這種現象，全聯會提出強力的批判，強調毫無保留的金融自由化只會圖利财團，使得一般消費者與員工受害。不過陳水扁反而在致詞中為金融整併政策辯護，他認為恢復金融業的健全是首要目標，盡管員工的權利有可能因此受損。所以他建議管理階層應該多與工會協商，政府也應該提供更多的職業轉介服務。民進黨執政之後的政策立場明顯地向資本家靠攏，這使原本支持他們的勞工盟友感覺遭到背叛。
陳水扁曾在2000年總統大選的競選政見中提到「重新檢討」民營化的政策，但是一旦取得執政地位，卻更積極地推動民營化，以中華電信為例，盡管工會強力反彈，但民進黨仍決定採取釋股一途。
針對不斷賠錢的國營事業，政府的處理方式是快刀斬亂麻，即使這樣會犧牲勞工的權益。根據政府的再生計畫，中船必須資遣三成的員工，留任員工也得減薪三成；同理，台機只有一個部門是賺錢的，政府的處置方式就是賣掉賠錢的部門，資遣該部門的員工。面對台汽客運的狀況，政府想到的處理方式是所有權移轉；也就是說，政府願意協助清償原本的債務，留任的勞工每人則必須提供三十萬元，作為成立的國光客運公司資本，而遣些員工也直接成為新公司的股東。民進黨在2004年的總統選舉中，特別引用中船再生計畫與台機變賣的例子，将這些國營事業再生後的盈餘，當作選戰的政績宣傳，卻一句未提勞工為此付出的代價。
……
民進黨執政後保守化的走向，讓原本力挺民進黨的自主工會幹部很難向基層會員交待，加速了社會運動型工會的衰退。
以及：
2004年，陳水扁總統再度擊敗國民黨，連任成功，但其時台灣的勞工運動已經明顯喪失了動能。解嚴带來的自主工會的風潮在1990年達到了頂點，當時有1354間產業工會，總計有699372位會員。在此之後，自主工會運動就呈現了長期而緩慢的衰退。90年代未期，工運人士曾在全台各地發動串連，企圖等組建縣市層級的產業總工會。當時，他們一一登門拜訪各地勞工局登记有案的產業工會，也因此發現由於工廠停工、生產線外移，許多產業工會早已名存實亡。2012年，登記有案的產業工會只剩832間，會員人數也已經降至534419人。
對勞工們而言，民主轉型開啟的政治機會其實相當短暫，很快就被一股更強大的經濟體制重構所抵消。在九十年代，許多製造業廠商將生產基地轉移至東南亞與中國（大陸），台灣經歷了一場後工業化的轉型陣痛，經濟體制的重構也快速抵消了政治機會為勞工運動創造出的動能。一方面，製造業從業人員減少，消解了既有的工會基礎；另一方面，要讓占就業人數越來越多的服務業等租工會，並不容易。此外，新興的電子高科技產業要組織工會也很困難，雇主會利用股票、選擇權等制度設計，讓員工對工作採取更個人主義的態度；也就是自求多福，而不是互助團結。
九十年代末以降，許多電子產業工廠，例如耀元電子、擎揚科技、群祥電子、浩程電子、中華映管、锂新科技、實穩公司、佳鼎科技等，因為關廠歇業而引發失業勞工的抗争。然而，如同上一章指出的，追討積欠工資與資遣費的自救會，並不能擴展勞工運動的自治基礎。儘管這些勞工還是會採取激進的抗爭策略，但只要「討債」成功，自救會達成階段性任務就宣告解散。一直到2005年，第一家電子產工（南亚電路）才正式立案成立；2011年，成功籌組第一個跨廠場的電子電機育訊產業工會。但即使是官方認可的正式組織，工會仍無法進行勞資協商，也無法申請勞動檢查。到2013年，電子電機資訊產工會還是只有110位會員，這讓工會組織者相當感慨，「心情好的時候一起來遊行，就從這個角度來說，我們又很像慈濟，大家做點功德為了台灣勞工好」。工運人士企圖将工會拓展到傳統重工業與運輸業之外，但顯然非常吃力，直到現在，「科學園區零工會」依舊是個難以打破的神話。
以上兩段都來自於『支離破碎的團結：戰後煉油廠與糖廠的勞工』（何明修）一書。